Der Evangelische Bund wird durch den Zentralvorstand geleitet.
Diesem gehören die Vorsitzenden der Landesverbände, der geschäftsführende Vorstand, ein Vertreter der Evangelischen Kirche in Deutschland sowie der Vorsitzende des Kuratoriums für das Konfessionskundliche Institut an.
Zwischen den Sitzungen des Zentralvorstands liegt die Verantwortung beim geschäftsführenden Vorstand. Dem geschäftsführenden Vorstand gehören an:
Präsident Dr. h.c. Christian Schad
Stellvertretender Präsident Dr. Sigurd Rink
Generalsekretär Dr. Richard Janus
Der Evangelische Bund ist Träger für das Konfessionskundliche Institut Bensheim. Diesem steht ein Kuratorium vor und ein wissenschaftlicher Beirat unterstützt die Arbeit in wissenschaftlicher Hinsicht.
Die Stiftung Bekennen und Versöhnen des Evangelischen Bundes wird durch einen eigenen Stiftungsrat geführt.
Ehemalige Präsidenten bzw. Präsidentin sind Prof. Dr. Gottfried Maron (1979-1997), Prof. Dr. Hans-Martin Barth (1997-2009) und Prof. Dr. Gury Schneider-Ludorff (2009-2019).